NMRタンパク質解析ソフトウェア KUJIRA　[2010年06月末をもってお取り扱い終了！]

 

 

RIKEN開発：独立行政法人　理化学研究所

理化学研究所 ゲノム科学総合研究センター KUJIRAホームページ

特徴

　KUJIRAは、文部科学省タンパク3000プロジェクトにより開発された統合的かつ 高度にネットワーク化 されたモジュール群で構成されるNMRタンパク質構造解析ソフトウェアです。搭載されているモジュール 群は解析の各フェーズにあわせた多様なGUIをもち、NMRデータ間で連携したインタラクティブな操作を 可能にしています。NMRスペクトルの等高線プロットの表示とスペクトルウィンドウの操作には NMRView (Johnson, B. A., 1994)を用いています。
　スタートアップ時にNMRPipeでプロセスした各NMRデータをセットアップし、関連したスペクトル データを画面上で参照しながら主鎖帰属、連鎖帰属、側鎖帰属などの操作がおこなえ、帰属した残基 情報をクリックすることで対応したNMRスペクトルがシンクロして表示されるジャンプ機能など、関連 した情報を簡単な操作で統合的に管理、確認することができます。
　計算構造評価モジュールでは、二次構造分析、溶媒露出度分析、Ramachandranプロットおよび χ1/χ2プロットの機能をもち、迅速かつ簡単に構造中に潜む問題点を 見つけ出すことができます。
　アサインメントモジュールでは、構造計算ソフトCYANAのNOEアサインメント結果とリンクをとり ながら、化学シフトテーブル、スペクトルウィンドウ、NOEアサインメントテーブルをシームレスに コントロールでき、ミスアサインメントやNOEテーブル内のアーティファクトやノイズピークを容易に 発見することができます。

 

モジュール関係図

モジュール関係図

GUI

GUI

KUJIRA, a package of integrated modules for systematic and interactive analysis of NMR data directed to high-throughput NMR structure studies
Kobayashi N, Iwahara J, Koshiba S, Tomizawa T, Tochio N, Güntert P, Kigawa T, Yokoyama S.
J Biomol NMR. 39(1):31-52. (2007)

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その他

対応システム：

・Linux OS(RedHat, TurboLinux, Vine等)※FedoraCore系日本語環境ではNMRViewで不具合あり

・SGI IRIX6.5以上

動作にはNMRView 5.0以降(C言語版)が必要になります。

対応NMRフォーマット：

NMRViewフォーマット(NMRPipeで変換・出力)

ソフトウェア価格：(予定)

アカデミックユーザー：有償（価格はお問い合わせください）

マニュアル、操作説明会、チュートリアルデータは有料

パブリックユーザー：初期費用300万円(税抜)、継続使用の場合年間保守費が必要

 

ご不明な点はTEL（03-5812-5311）もしくはE-mail（support@las.jp）までお問合せ下さい。

 

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