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LCModel

-1H MRスペクトルから代謝産物の濃度を自動計算-

LCModel はMRI装置の¹H MRS(PressまたはSteamシークエンス)から代謝産物の定量解析を行うソフトウェアです。代表的なMRメーカーのrawデータの読み込みに対応しており、スペクトルを自動処理（FT, 位相補正等）し、カーブフィットした後に、MR装置、TE毎のBasis-setデータと比較し、代謝物毎のピーク分離で計算されるピークエリアから各代謝産物の定量（水分を基準としたmM(mmol/L)濃度、または対Creatine比）計算を自動的に行います。分析結果はMRスペクトル、代謝産物の名称、濃度、標準偏差（SD）の情報と共にポストスクリプト(PS)ファイル、CSVファイル、TXTファイルへ出力されます。オプション設定で指定代謝物のピーク分離解析結果を出力することもできます。また解析後プロセス用のシェルスクリプトを変更してPSファイルからの画像変換、集計などをカスタマイズできます。

・Ver6.1からIMCL (筋細胞内脂肪)、EMCL (筋細胞外脂肪)の解析機能が追加されました(適用例：スポーツ医学、生活習慣病などの研究・解析)。

・Ver6.2から、脂肪(lipid)、肝脂肪(liver)、胸部脂肪(breast)(適用例：メタボリック症候群、肝脂肪などの研究・解析)と脳髄液(CSF:通常のNAA,Cho,Crのピークの代わりに、CSFではLac,Glcのピークを基準に解析します) 解析が追加されました。脂肪解析の場合はbasis-setは必要ありません。(2007年9月)

(詳細はお問い合わせ下さい)。

日本磁気共鳴医学会ＭＲＳ有用性検討スタディグループ会議において、臨床的なＭＲＳデータ収集時の標準化のために利用されています。

磁気共鳴代謝研究会(京都で２００８年７月２６日（土）開催予定)の開催日午前中に、日本磁気共鳴医学会ＭＲＳ有用性検討スタディグループ会議と共催で第一回LCModelユーザーズミーティングを開催する予定です。LCModelユーザーズミーティングには日本磁気共鳴医学会会員以外の方も参加可能です。詳細日程が決まり次第募集告知、ユーザの方にはご連絡いたします。

解析対象代謝物

脳内代謝物（デフォルトおよびCSFモード）

Ala	L-Alanine
Asp	Asparate
Cr	Creatine
GABA	γ-Aminobutyric Acid
Glc	Glucose
Gln	Glutamine
Glu	Glutamate
GPC	Glycerophophocholine
PCh	Phosphocholine
Ins,mI	myo-Inositole
Lac	L-Lactate
NAA	N-AcetylAsparate
NAAG	N-AcetylAsparatylglutamate
Scyllo	scyllo-Inositol
Tau	Taurine
-CrCH2	Creatine methylene group
Gua	Guanideacetate

筋細胞脂肪(Ver 6.1追加 muscleモード)

IMCL (intramyocellular lipids)	筋細胞内脂肪
EMCL (extramyocellular lipids)	筋細胞外脂肪

脂肪 (lipid,liver,breast モード)

Lip13	脂質のCH₂に対応した1.3ppm付近のピーク
Lip09	脂質のCH₃に対応した0.9ppm付近のピーク
Lip20	脂質のCH₂に対応した2ppm付近のブロードなピーク
Lip53	脂質のCHに対応した5.3ppm付近のピーク
Cho	コリンに対応した3.2ppm付近のピーク

Unix版のみであったLCModelについにLinux版がリリースされました！！！

ロゴ：Linux

Intel PentiumII以上のCPUを搭載したPCが必要になります。
ディストリビューションはRedHat系Linux(CentOS,Fedora）をご使用されることを推奨します。
Window ManagerはKDE, GNOME, fvwm2を推奨します。

Old GNOME Window Managerをご使用になるとLCMgui windowを手動でMoving, Resizingする必要があります。
PentiumIV 2GHz以上のPCをご使用になれば、今まで使用していたUnixよりも解析が早くなると思います(開発者より)。

※ ユーザ様でLinuxシステムを用意する場合、PostScriptファイルを表示するビューアーをインストールしてください。また、ネットワークからデータ取得する場合、Samba, NFS, FTP等をインストールすることを推奨します（環境によって異なります）。

弊社では、LCModelをプリインストールしたLinuxシステムも販売しておりますので、お気軽にお問い合わせください。

※ライセンス申請方法
ご購入時は導入されるPCに一旦LCModelをインストーしていただく必要があります。ライセンス申請時にUNIX版ではプリント出力されたファイルもしくは~/.lcmodel/test/output/test.psに記載されていたID番号をご連絡いただいておりましたが、Linux版では、テストラン時に作成される~/.lcmodel/data-for-licensingファイルをE-mail等で送ってください。
また、解析時に成分の基準となるBasis-setファイルが必要になりますので

使用MRのメーカー、機種名
磁場強度(1.5T, 3Tなど)
PRESSの場合

TE(エコー時間、TE=30,135,144,270,288msなど)

STEAMの場合

TE(エコー時間)
TM(mixing time)

を一緒にご連絡ください。

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対応システム

Sun, SGI, Compaq/DEC Unix

Linux(Red Hat Linux, Fedora Core)

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対応フォーマット(PressまたはSteamシークエンスのRAWデータ、DICOMなどのFT後の画像フォーマットには対応していません)

Single-voxel data

Bruker fid files (if necessary, converted by you to analog mode with Bruker's convdta). Also for ParaVision-3 fid files
GE 5.x Probe raw P-files and spectrum G-files
GE Probe raw P-files, including (new) 14.0 M3 P-files. Also for P-files with multi-channel (phased-array) data
Philips SDAT & SPAR files
Picker (later Marconi, now Philips) DUMP files
Siemens *rda files transferred from the syngo PC console and Siemens raw files from the (old) Numaris-3 Unix console
Toshiba rawData files and (new) Version 7.xx DICOM files
Varian fid files

一部のMulti-voxel(CSI) data(GE, Siemensでは検証済み)

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ダウンロード(既存のユーザは上書きインストールで最新版にアップデートできます)

テストランでRAWデータのスペクトル表示ができます。

（LastUpdate 2007.9）
http://s-provencher.com/pages/lcm-test.shtml

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