LCModel

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ロゴ：LCModel

-1H MRスペクトルから代謝産物の濃度を自動計算-

LCModel はMRI装置の1H MRS(PressまたはSteamシークエンス)から代謝産物の定量解析を行うソフトウェアです。代表的なMRメーカーのrawデータの読み込みに対応 しており、スペクトルを自動処理（FT, 位相補正等）し、カーブフィットした後に、MR装置、TE毎のBasis-setデータと比較し、代謝物毎のピーク分離で計算されるピークエリアから各代 謝産物の定量（水分を基準としたmM(mmol/L)濃度、または対Creatine比）計算を自動的に行います。分析結果はMRスペクトル、代謝産物の 名称、濃度、標準偏差（SD）の情報と共にポストスクリプト(PS)ファイル、CSVファイル、TXTファイルへ出力されます。オプション設定で指定代謝 物のピーク分離解析結果を出力することもできます。また解析後プロセス用のシェルスクリプトを変更してPSファイルからの画像変換、集計などをカスタマイ ズできます。

・Ver6.1からIMCL (筋細胞内脂肪)、EMCL (筋細胞外脂肪)の解析機能が追加されました(適用例：スポーツ医学、生活習慣病などの研究・解析)。

・ Ver6.2から、脂肪(lipid)、肝脂肪(liver)、胸部脂肪(breast)(適用例：メタボリック症候群、肝脂肪などの研究・解析)と脳髄 液(CSF:通常のNAA,Cho,Crのピークの代わりに、CSFではLac,Glcのピークを基準に解析します) 解析が追加されました。 脂肪解析の場合はbasis-setは必要ありません。(2007年9月)

解析対象代謝物

脳内代謝物（デフォルトおよびCSFモード）

Ala L-Alanine
Asp Asparate
Cr Creatine
GABA γ-Aminobutyric Acid
Glc Glucose
Gln Glutamine
Glu Glutamate
GPC Glycerophophocholine
PCh Phosphocholine
Ins,mI myo-Inositole
Lac L-Lactate
NAA N-AcetylAsparate
NAAG N-AcetylAsparatylglutamate
Scyllo scyllo-Inositol
Tau Taurine
-CrCH2 Creatine methylene group
Gua Guanideacetate

筋細胞脂肪(Ver 6.1追加 muscleモード)

IMCL (intramyocellular lipids) 筋細胞内脂肪
EMCL (extramyocellular lipids) 筋細胞外脂肪

脂肪 (lipid,liver,breast モード)

Lip13 脂質のCH2に対応した1.3ppm付近のピーク
Lip09 脂質のCH3に対応した0.9ppm付近のピーク
Lip20 脂質のCH2に対応した2ppm付近のブロードなピーク
Lip53 脂質のCHに対応した5.3ppm付近のピーク
Cho コリンに対応した3.2ppm付近のピーク

 

画像：LCModel（その１）

画像：LCModel（その２）

 

Unix版のみであったLCModelについにLinux版がリリースされました！！！

ロゴ：Linux

Intel PentiumII以上のCPUを搭載したPCが必要になります。
ディストリビューションはRedHat系Linux(CentOS,Fedora）をご使用されることを推奨します。
Window ManagerはKDE, GNOME, fvwm2を推奨します。

Old GNOME Window Managerをご使用になるとLCMgui windowを手動でMoving, Resizingする必要があります。
PentiumIV 2GHz以上のPCをご使用になれば、今まで使用していたUnixよりも解析が早くなると思います(開発者より)。
※ ユーザ様でLinuxシステムを用意する場合、PostScriptファイルを表示するビューアーをインストールしてください。また、ネットワークから データ取得する場合、Samba, NFS, FTP等をインストールすることを推奨します（環境によって異なります）。

弊社では、LCModelをプリインストールしたLinuxシステムも販売しておりますので、お気軽にお問い合わせください。

 

 

※ライセンス申請方法
ご購入時は導入されるPCに一旦LCModelをインストーしていただく必要があります。ライセンス申請時にUNIX版ではプリント出力されたファイルも しくは~/.lcmodel/test/output/test.psに記載されていたID番号をご連絡いただいておりましたが、Linux版では、テス トラン時に作成される~/.lcmodel/data-for-licensingファイルをE-mail等で送ってください。
また、解析時に成分の基準となるBasis-setファイルが必要になりますので

  • 使用MRのメーカー、機種名
  • 磁場強度(1.5T, 3Tなど)
  • PRESSの場合
    • TE(エコー時間、TE=30,135,144,270,288msなど)
  • STEAMの場合
    • TE(エコー時間)
    • TM(mixing time)

を一緒にご連絡ください。
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対応システム

Sun, SGI, Compaq/DEC Unix

Linux(Red Hat Linux, Fedora Core)

 

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対応フォーマット(PressまたはSteamシークエンスのRAWデータ、DICOMなどのFT後の画像フォーマットには対応していません)

Single-voxel data

  • Bruker fid files (if necessary, converted by you to analog mode with Bruker’s convdta). Also for ParaVision-3 fid files
  • GE 5.x Probe raw P-files and spectrum G-files
  • GE Probe raw P-files, including (new) 14.0 M3 P-files. Also for P-files with multi-channel (phased-array) data
  • Philips SDAT & SPAR files
  • Picker (later Marconi, now Philips) DUMP files
  • Siemens *rda files transferred from the syngo PC console and Siemens raw files from the (old) Numaris-3 Unix console
  • Toshiba rawData files and (new) Version 7.xx DICOM files
  • Varian fid files

一部のMulti-voxel(CSI) data(GE, Siemensでは検証済み)

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ダウンロード(既存のユーザは上書きインストールで最新版にアップデートできます)

テストランでRAWデータのスペクトル表示ができます。

（LastUpdate 2007.9）
http://s-provencher.com/pages/lcm-test.shtml

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インストール

インストール方法を参照して下さい。[PDF / 14KB]

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リンク

http://s-provencher.com/pages/lcmodel.shtml

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価格

お問い合わせください。

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