MEDxで使われているSPMモジュールはSPM96 のすべての機能をカバーします。オリジナルのSPM MATLABコードはC++に書き直されました。この書き直しによって、MEDxでSPMを使うときにMATLABのライセンスの必要がなくなりました。 MATLABインタプリタの必要がなくなることで、MEDxのSPMはMATLABバージョンよりも速くなります。ほとんどの操作においてMEDxモジュールは2倍の速さになります。

一連のボリュームの最整列に使用します。 さらにこのモジュールはfMRIの解く適オプションとして、spin history補正と同様に動きにより生じる信号変化の補正を行います。
2つのボリュームを調整し最整列するものです。この2つのボリュームは違ったモダリティーからでも、1つの同じものからでも可能です。
画像を個々の被験者から一般的な標準スペースに合わせ調整します。これは統計解析において、多様な被験者からのデータを組み合わせるのに有効です。このアルゴリズムは完全に自動化されており、非常に使いやすくなっています。
ボリュームの各voxelを各tissue compartmentsに類別します。このアルゴリズムは自動的に類別を行うmaterial mixture modelsを使用します。
複数の統計解析データからいくつかのタスクに共通する賦活コンポーネントを分離する強力なツールです。
機能的関連性を調べる方法です。ここでの機能的関連性は空間的に離れた領域間の時間的相関性を指します。
SPMで利用できる全てのデザインオプションがMEDx C++ライブラリに組み込まれています。このデザインにはgeneral linear modelを使用し、統計的な有意性を評価します。PETデザインは単一被験者の解析の為のオプションはもちろん、複数の被験者のグループ比較や、多様な被験者を組み合わせるオプションを含みます。fMRIデザインは、低周波シグナルリフトの除去や、入力されるresponse functionの時間的スムージングのオプションを含みます。全ての統計的デザインは保存でき、再利用できます。その時にユーザーは全てのパラメータを再記入する必要がなく、パラメータの一部の変更ですみます。